通常情况下，滤光片组被设计成可用于捕获指定荧光团的最大激发和发射波长，但不会捕获所有的荧光。多数现代化滤光片组的设计旨在确保激发滤光片只允许指定波长区间的光线通过。这种类型的滤光片称为带通滤光片（band-pass filter）。带通滤光片通常通过中间波长和区间宽度确定。在较为简单的荧光显微镜装置中，一旦激发光线离开激发滤光片，即会照射到靶标上，靶标上的荧光基团随即变为激发状态，然后发射向光谱的红外端（相对于激发光线）迁移的光线。并非所有此类发射光线都会被检测器捕获到——仅那些允许通过二向分色镜且能通过发射滤光片的光线。发射滤光片通常为带通滤光片或长通滤光片，具体取决于特定的荧光团和成像实验。如果您希望让超过特定波长的光线通过检测器，可选择长通滤光片.
